A pesquisa sobre o novo vírus da pneumonia no mercado de frutos do mar de Wuhan, o “coronavírus” mortal que forçou o governo chinês a colocar em quarentena mais de 50 milhões de pessoas no denso coração industrial do país, será facilitado pelo Instituto de Genômica da UC Santa Cruz. A equipe do Navegador Genoma do Instituto Genomics publicou o código biomolecular completo do vírus para uso em pesquisadores de todo o mundo.
“Quando exibimos dados de coronavírus no UCSC Genome Browser, ele permite que os pesquisadores examinem a estrutura do vírus e, mais importante, trabalhem com ele para que possam pesquisar como querem atacá-lo”, disse o engenheiro de navegador de genoma da UCSC, Hiram Clawson.
Amostras do vírus foram processadas em laboratórios em todo o mundo, e as informações brutas sobre seu código genético foram enviadas ao repositório mundial de informações genômicas no Centro Nacional de Bioinformática (NCBI) do National Institutes of Health em Bethesda, Maryland.
“O NCBI é um repositório mundial estabelecido nos primeiros dias da genômica”, disse Clawson. “Quando as pessoas encontram novos vírus, eles os enviam para o NCBI, e o NCBI atribui um nome e número para que todos possam se referir a uma amostra exata. Depois que processam as informações genômicas, elas são disponibilizadas ao mundo pelo banco de dados. . “
A partir daí, o navegador do genoma da UC Santa Cruz processa as informações em uma exibição visual do vírus.
O NCBI nomeou o vírus da pneumonia no mercado de frutos do mar de Wuhan 2019-nCoV, que significa novo coronavírus descoberto em 2019.
UC Santa Cruz recuperou a informação, consistindo em 29.903 nucleotídeos – os pares de bases que compõem as moléculas de DNA e RNA que codificam toda a vida na Terra.
“Quando obtemos esses dados do NCBI, é um único arquivo com as letras do DNA ou RNA (A, C, G e T)”, disse Clawson. “Este é um RNA de fita simples, uma estrutura relativamente simples.
Essas informações são processadas e colocadas em um banco de dados, onde o Navegador Genome pode acessar o material e exibi-lo em um navegador da Web em um formato muito mais útil.
“O que torna o Navegador Genoma tão valioso é que ele é tão visual”, disse Clawson. “Isso deixa muito claro onde está tudo; assim, quando as pessoas fazem medições interessantes sobre o genoma do vírus, podem ver o que estão vendo”, disse Clawson.
Os pesquisadores podem ampliar e reduzir o genoma. Isso permite que eles vejam pares de bases no nível mais detalhado. Ou, eles aumentam o zoom e veem os 10 genes individuais que compõem os 29.903 pares de bases.
O navegador também contém uma faixa CRISPR, que permite que os pesquisadores vejam onde podem unir material genético e como podem cortá-lo. Com o CRISPR, os pesquisadores podem editar o material genético, uma ferramenta tremendamente valiosa para determinar quais genes fazem o quê.
“No caso desse vírus”, disse Clawson, “existem aproximadamente dez genes e o maior é a proteína de pico”, referindo-se à coluna química que o vírus usa para prender nas células humanas e seqüestrar sua maquinaria celular para se reproduzir. “Então eles podem fazer uma alteração para ver se torna a proteína do pico mais ou menos virulenta”.
O Navegador também permite anotações, para que pesquisadores de todo o mundo possam colaborar e compartilhar informações experimentais.
Para visualizar o genoma do coronavírus, visite: genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=wuhCor1
Para obter mais informações sobre o navegador de genoma da UCSC no Instituto de Genômica da UC Santa Cruz, visite: https: // genome .ucsc.edu /
